Atualmente é Professor Doutor, Ref. MS-3, em Regime de Dedicação Integral à Docência e Pesquisa (RDIDP), da UNIVERSIDADE DE SÃO PAULO - CENTRO DE ENERGIA NUCLEAR NA AGRICULTURA. Atua nas áreas de Biologia Computacional, Biologia Evolutiva e Biologia de Sistemas aplicadas principalmente a Bioenergia. O seu principal interesse e a evolução das redes biológicas em geral, e das redes de regulação da expressão génica em particular; assim como a evolução de famílias génicas, a caracterização molecular de organismos, a predição da função de genes não traduzíveis (non-coding RNAs), a montagem e anotação de genomas, o aprendizado de máquinas e problemas de classificação, e o desenvolvimento de plataformas integrativas de dados ‘ômicos’. Recentemente vem trabalhando com dados de sequenciamento originados com novas tecnologias como Illumina o PacBio, para a reconstrução de genomas, a identificação de polimorfismos e perfis de expressão de genes, principalmente aplicados para entender as interações entre organismos em ambientes complexos e os mecanismos moleculares para a produção de enzimas, biocombustível, acumulo de biomassa.
Atualmente o Prof. Riaño-Pachón é o líder do Laboratório de Biologia Computacional, Evolutiva e de Sistemas (LabBCES).
Professor Assistente | 2018 – Atual | Centro de Energia Nuclear na Agricultura. Universidade de São Paulo, Piracicaba, Brasil
Pesquisador Científico (Líder de Grupo de Pesquisa) | 2013-2016 | Laboratório de Ciência e Tecnologia do Bioetanol, Centro Nacional de Pesquisa em Energia e Materiais, Campinas, Brasil
Professor Assistente | 2010-2012 | Universidad de Los Andes, Bogotá, Colômbia.